На территории Якутии из деревьев преобладает даурская лиственница (85% лесной площади), также
повсеместно распространены сосна, кедровый стланик, ель, береза, осина, в южных районах — кедр сибирский, в горных — душистый тополь и чозения.
Более ¼ площади республики отнесены к особо охраняемым природным территориям. На этой площади расположены два заповедника Российской Федерации, 6 национальных природных парков, например, знаменитые «Ленские столбы», в 2012 году включенный в список Всемирного Наследия ЮНЕСКО, государственный природный заказник «Янские мамонты» и другие особо охраняемые природные территории.
В Якутии обитают: на островной территории — морж, нерпа, тюлень, белый медведь; на континентальной территории — лось, северный олень, кабарга, снежный баран, изюбр, бурый медведь, волк, лисица красная, песец, соболь, горностай, колонок, американская норка.
В морских, речных и озерных водоемах республики насчитывается около 50 видов рыб, среди которых преобладают лососевые и сиговые. Территория Якутии также известна как место массового гнездования более 250 видов птиц. Среди них такие редкие птицы, как
розовая чайка, белый и черный журавли, кроншнеп-малютка и кречет, занесенные в Международную Красную книгу.